El origen Inca del Distrito se remonta a la influencia de la Cultura Aymara, lo cual queda demostrado en la traducción de la palabra CHACLACAYO que deviene de las voces aymaras chajlla (carrizo) y kayo (pie) cuyo significado se traduce en al "pie de los carrizos".
Los ayllus de Mayopampa, Puruchuco, Huaycán y Cajamarquilla experimentaron la presencia del pueblo de lo Huanchos, que fueron dominados por el Inca Pachacutec quién sometió al cacique Cuismanco en su cuartel general de Mayopampa, subordinándose al imperio Inca a todos los pueblos del Valle del Rimac entre ellos a los antiguos chaclacayinos.
Durante la Colonia funcionó en Chaclacayo el Corregimiento de la Buena Muerte con sede en la actual 4ta. cuadra de la Av. La Rosaleda.
Es entonces que empiezan a formarse los nueve fundos que pasado el tiempo darían origen al Distrito de Chaclacayo, y que son: Huascata, Morón, San Bartolomé, La Tuna, Tupacocha, San Damián, Santa Inés, El Juzgado y Buenamuerte, sede del corregimiento.
Posteriormente, se forma el fundo Chaclacayo por acumulación de las tierras de La Tuna, Tupacocha y San Damián, comprensión de las alturas de Cocachacra que a su vez pertenecían a la Provincia de Huarochirí.
En los fundos mencionados se cultivaba el Algodon y los forrajes para ganado vacuno, así como frutales. Artesanalmente, se fabricaban esteras debido a la presencia de grandes cantidades de carrizos que bordeaban ambas riberas del Río Rimac.
Durante la Emancipación, el Valle del Rimac fue mudo testigo del paso de las huestes de Andrés Avelino Cáceres, el Brujo de Andes, quien estableció su cuartel general en la actual Chosica.
La primera lotización que daría lugar a la actual ciudad de Chaclacayo fue propiciada pro don Vidal Laymito G. En el año 1931. La primera vivienda edificada fue la del Dr. Mario Accinelli, benefactor del Distrito.
En el año 1942 se iniciaron en Chaclacayo los primeros Asentamientos Humanos, quienes en la actualidad conforman el mayor volumen poblacional Distrito siendo los más grandes los de Morón, Huascata y Miguel Grau.